ニューヨーク・ダウンタウン。17歳の少年、アッシュ・リンクスは、圧倒的な戦闘力とカリスマでこの街のストリートギャングたちをまとめ上げていた。ある夜アッシュは、瀕死の男から何処かの住所と「バナナフィッシュ」という言葉を伝えられ、その意味を調べ始める。
秘密を握るコルシカ・マフィアのボス、ディノ・F・ゴルツィネは、アッシュの動きを阻もうと罠を張り巡らすのだった。

日本人大学生の奥村英二は、カメラマンである伊部俊一のアシスタントとしてニューヨークでストリートギャングの取材をする中でアッシュと出会う。アッシュを敵対視するグループのボス、フレデリック・オーサーはゴルツィネと手を組み、嵌められたアッシュは殺人の罪を着せられ刑務所に収監されてしまう。そこで同房となったジャーナリストのマックス・ロボもまた「バナナフィッシュ」の謎を追っていた。

やがて出所したアッシュは、親友のショーター・ウォンや、英二、マックス、伊部と共に男に教えられた住所へと向かう。ユーシスと名乗る美貌の青年の住む屋敷で真実を掴みかけた彼らだが、その先には残酷な運命が待ち受けていた。一方、チャイニーズの少年、シン・スウ・リンはショーターの身を案じ、密かに行動を始める。

「バナナフィッシュ」を巡る企みを追及する中で、魂が惹かれ合うように絆を深めていくアッシュと英二。互いを唯一無二の存在として守ろうとする2人に、幾多の苦難が襲いかかる…。